El río de las Acequias tiene algo más de cinco kilómetros de longitud. Nace a 1.450 metros de altura, casi en el collado del Cerro de los Torneros, y todo su recorrido tiene una dirección noroeste, encajado entre la Cuerda de la Atalaya (al sur) y la Sierra del Pino Cano (al norte).
Enseguida se une a las aguas del arroyo de la Juansomera, que trae las aguas del Nevacico y de la Fuente de la Juansomera. Seguidamente, por su izquierda recoge las aguas de las fuentes del cortijo de Alfredo y del Vao Toribio. Su cauce sufre un estrechamiento en el paraje conocido como El Goterón, paraje de gran frescor y atractivo y del que surgen sendas acequias para regar las huertas del Prao Herrero, a ambos lados del río.
Seguidamente, por su izquierda, recoge las aguas de la fuente de las Tenientas; y, a continuación, las de la fuente de Juan Ramón, que nace junto a su cauce. Finalmente, tras haber salvado un desnivel de unos 350 metros, en el valle entre el Estrecho y la Yesera, une sus aguas al de la Fuente del Roble, para formar el río Matilla.